國立臺東大學南島文化研究碩士班自2003年成立迄今，南島文化研究的學術條件已經成熟，師資也已齊備。2021年本校向教育部申請增設「人文學院南島文化研究博士班」（納入公事系學程），獲教育部通過，於2022年首次招生，是國內第一個以南島文化為研究主題的博士班，採全英語授課，培養兼具理論分析能力與實務操作經驗的高階南島文化研究人才。

從南島文化多樣性的角度來看，臺東縣在臺灣是排第一的縣份，有阿美、排灣、布農、魯凱、卑南、達悟和噶瑪蘭等七個南島族群，不僅有豐富的族群文化多樣性，而且還可以觀察到各族群如何面對當代議題，展現強韌的生命力和活潑的創意。人文學院和在地南島文化場域的鏈結，可以提供南島文化研究博士班學生學用合一的寶貴機會，使博士學生在教育、學習和訓練的過程中，就是在實際的場域和問題的脈絡中，在做中學，在解決社區實際問題的過程中，應用知識、檢驗知識、產生知識的高等學術人才。

本校於2014年成立南島文化中心，積極與海外南島語族國家建立學術和文化交流關係。本博士班也為了回應南向國家學者的深造需求，將規劃招收南向各國研究生的管道與策略。並進而以此為基礎，擴大本校與南向國家的各種資源鏈結，以有助於本校的國際化與國際影響力。